sudo apt-get install ibus-qt4
Además, en Texmaker ir a Opciones -> Configurar Texmaker -> Editor y poner la codificación del editor en la usada para el documento (UTF-8 me funciona).
Actualización para Ubuntu 11.10:
La versión de Texmaker de los repositorios es obsoleta, y no permite escribir acentos cuando se utiliza ibus.
1) Desinstalar Texmaker.
2) Instalar la última versión, descargada desde la página oficial de Texmaker: http://www.xm1math.net/texmaker/download.html#linux
3) Instalar ibus-qt4:
sudo apt-get install ibus-qt4
4) En Texmaker, verificar que se utilice la codificación UTF-8:
Opciones -> Configurar Texmaker -> Editor
5) A la hora de escribir, en Texmaker hacer clic con el botón derecho del ratón sobre un área de la página, y en el menú contextual elegir:
Seleccionar IM -> ibus
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